Aziz Nikolaos Kilisesi, Bizans sanat tarihinin önemli bir anıtı mimari üslubu ve süslemesiyle Orta Bizans Dönemi’nin en seçkin örneğidir. İ.S. 5.yüzyılda Myra’nın (Demre) Likya eyaletinin başkenti, Myra Başpiskoposu’nun da Anadolu’nun ikinci büyük din otoritesi olması, Aziz Nikolaos’un ölümünden sonraki, yıllarda şehrin saygınlığının artmasında büyük rol oynamıştır. Myra halkı ölümünden sonra Aziz adına önce bir anıt, sonra da büyük bir bazilika inşa ettirmiş, bu devirde Aziz adına İstanbul’da büyük bir kilise inşa edilmiştir. Myra’daki bazilika depremler ve şehre yapılan akınlar sonucu 8.yüzyılda büyük hasar görmüş, 9. yüzyılda ise kubbeli kilise olarak yeniden inşa edilmiştir. Daha sonraki ilaveler 11. yüzyılda Orta Bizans devrinde gerçekleşir. Bu dönemin en önemli onarımının 1042’de İmparator IX. Konstantin ile karısı Zoe tarafından yapıldığı bilinmektedir. Duvar frekskleri ve taban mozaiklerinin çoğu bu döneme aittir.

Yüzyıllar içinde çeşitli nedenlerle tahrip olmuş kilisenin diğer geniş kapsamlı onarımı 1862 yılında Rus Çarı I.Nikolay tarafından gerçekleştirilmiştir. Orijinal planından oldukça sapmış bu onarıma ait çan kulesi ve omurgalı yeni orta kubbe ekleri bu çalışmaların ürünüdür. Bugünkü kilisenin özgün temelleri üzerinde değişik zamanlarda yapılmış birçok yapı bulunur. Böylece kilise çeşitli dönemlerde inşa edilmiş bir kompleks görünümündedir. Bu kompleks ana hatlarıyla; avluya açılan iki narteks (iç avlu), iki yan koridorun arasında yer alan kubbeli bir orta mekanla (naos), bema ve önündeki syntranonlu (koro başakları) apsisten ibarettir. Dış narteks 1862 yılı onarımında yeniden inşa edilmiş, iç narteks ise çoğunluk özgün temeller üzerinde olup tonozlarında peygamber ve konsül toplantılarının resmedildiği, kilisenin en eski duvar freskleri bulunur. Güney koridorunun Aziz’in lahdini korumak için uygun yer olduğu düşünülmekte, doğu köşedeki nişin içinde ise Aziz’in lahdinin korunduğuna inanılmaktadır. Ayrıca kuzey¬doğu ve batı köşelerde kubbeleri freskli iki oda daha yer almaktadır.